ARCHIVÉ - Le lauréat de la bourse Holmes du CNRC étudie la génétique du cancer du sein

Le 03 novembre 2011 — Ottawa (Ontario)

La bourse H.L. Holmes de 2011 a été accordée au généticien torontois Adam Shlien, dont les recherches postdoctorales allient le séquençage des gènes à l’informatique en vue de mieux comprendre les mécanismes du cancer du sein.

La bourse de deux ans, d’une valeur de 100 000 $, financera les travaux poursuivis par M. Shlien au Welcome Trust Sanger Institute de Cambridge. Ses recherches concourront aussi éventuellement au Consortium international du génome du cancer (CIGC), qui orchestre les efforts déployés dans le monde pour cartographier le génome des cancers les plus fréquents.

Le cancer du sein est l’une des formes de cancer les plus courantes chez la femme. Il coûte la vie à plus de 5000 femmes chaque année au pays. Selon M. Shlien, le travail de son équipe sur la biologie fondamentale des tumeurs cancéreuses pose les fondements d’un objectif à long terme « très ambitieux » : adapter le traitement à chaque patiente.

Pendant longtemps, on a diagnostiqué et soigné le cancer du sein comme s’il s’agissait d’une seule et même maladie. Toutefois, des recherches récentes démontrent que la maladie regroupe en réalité de multiples cancers, et que chacun d’eux peut muter afin d’exploiter les vulnérabilités particulières du génome de la patiente, qui est unique.

« Le but suprême — et nous en sommes encore loin — consiste à séquencer le génome d’une personne pour mettre au point un traitement individualisé qui s’attaquera directement aux mutations présentes dans son propre génome. »

Chercher les mutations à l’origine du cancer du sein

Le génome humain compte plus de 3,4 milliards de paires de bases, parmi lesquelles sont dispersées environ 6000 mutations susceptibles d’engendrer le cancer du sein.

Le projet de M. Shlien prévoit le séquençage de 1500 échantillons de tumeurs du cancer du sein rassemblés par l’Institut Sanger au fil des ans. Il s’agit du plus grand nombre de tumeurs jamais employé dans une étude de ce genre.

Après avoir prélevé 17 gigaoctets de données génétiques de chaque échantillon, le chercheur recourra au « parc informatique » de l’institut, qui fait tourner plus de 6000 processeurs en parallèle, pour comparer ces milliers de gigaoctets d’information et voir ce qui différencie les échantillons en vue de déceler les façons complexes dont les diverses mutations du cancer du sein affectent les gènes et les messages qu’ils s’échangent entre eux.

En plus de séquencer l’ADN, M. Shlien examinera l’ARN (acide ribonucléique) en quête d’informations sur les « transcriptomes », qui lui permettront de voir comment les protéines « expriment » ou transmettent l’information génétique. Cette dernière est parfois corrompue durant le transfert et il importe de savoir ce qui survient ensuite dans le cadre de la maladie.

« Le séquençage de la prochaine génération traverse vraiment une époque révolutionnaire, palpitante, alors que nous pensons réussir à séquencer des génomes complets très vite et à peu de frais », affirme-t-il.

Également bio-informaticien de formation, M. Shlien privilégie une approche globale. Au lieu de commencer à analyser un gène ou une mutation en particulier, il préfère utiliser les gigantesques ressources informatiques de l’Institut Sanger pour découvrir les mutations de tous les gènes qui pourraient entraîner le cancer du sein.

« Nous intégrons une énorme quantité de données afin de noter des mutations spécifiques et des profils à grande échelle, reprend-il. Une des difficultés, lorsqu’on est ouvert à toutes les possibilités, est que celles-ci ont tendance à se multiplier. L’avantage, en revanche, est qu’on découvre des choses auxquelles on ne s’attendait pas. »

Selon M. Shlien, de telles recherches en génétique exigent une formidable puissance de calcul. Elles étaient d’ailleurs naguère encore irréalisables.

L’Institut Sanger continue d’accroître sa puissance de calcul afin de composer avec la masse d’informations qui grossit constamment et les chercheurs du monde entier continuent de verser leurs résultats au CIGC, tandis que se développent des cartes exhaustives pour les gènes des formes les plus courantes de cancer. La bourse Holmes aidera considérablement le scientifique dans ses propres travaux.

« La somme est très généreuse et constitue une énorme différence pour les scientifiques comme moi », avoue M. Shlien. « C’est un formidable coup de pouce. Je suis confondu d’avoir été choisi pour recevoir cette bourse. »

À propos de la bourse H.L. Holmes

La bourse H.L. Holmes porte le nom de celui qui l’a rendue possible, le chimiste albertain R.H.L Holmes. « Ce prix, établi par le CNRC au décès de M. R.H.L. Holmes, offre à des chercheurs qui poursuivent des études postdoctorales la possibilité de démarrer leur carrière », déclare Larry Leonardi, secrétaire du comité de sélection. « La bourse est confortable et donne à un chercheur qui entame des études postdoctorales l’occasion d’effectuer ses travaux dans des écoles d’études supérieures et des organismes de recherche de renommée internationale. »

Plus sur la bourse H.L. Holmes pour recherches postdoctorales.

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