ARCHIVÉ - Un demi-million et on est loin du compte!
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Le 02 février 2009 — Saskatoon (Saskatchewan)
Plant de lin (Linum usitatissimum). La base de données NAPGEN contient environ 180 000 EST de cette espèce.
Tel est le nombre approximatif de séquences génétiques détenues par le consortium scientifique Natural Products Genomics (NAPGEN), l'alliance de chercheurs en produits naturels sans doute la plus prolifique au monde.
Fondée en 2005, NAPGEN rassemble des chercheurs du gouvernement et des universités. En font partie l'Institut de biotechnologie des plantes du CNRC (IBP-CNRC) de Saskatoon, Agriculture et Agroalimentaire Canada, l'Alberta Research Council et huit universités dans cinq provinces.
« NAPGEN veut identifier les gènes qui codent les substances végétales bénéfiques pour la santé », explique Lana Culley, qui pilote l'initiative Santé et bien-être par les plantes de l'IBP-CNRC. « La génomique ne s'est jamais beaucoup intéressée à cet aspect. Les chercheurs essayaient de reproduire ou d'extraire les composés naturels au lieu de modifier les plantes pour qu'elles en fabriquent davantage. »
Collectivement, les 500 000 séquences – ou marqueurs de séquence exprimée (EST) – de NAPGEN représentent des dizaines de milliers de gènes de plus de 25 plantes, dont la pervenche de Madagascar, l'amélanchier, le lin et le millepertuis. Sur cette liste figurent des plantes renfermant d'éventuelles substances pharmaceutiques ou leurs précurseurs, des plantes d'une grande valeur comme produits de santé naturels et celle contenant des composés nutraceutiques.
« Entre autres, les chercheurs du CNRC ont identifié plusieurs gènes intéressants du lin à partir de données de NAPGEN grâce à une collaboration entre l'IBP-CNRC, l'Université de la Saskatchewan et Saponin inc., une entreprise de Saskatoon, poursuit Mme Culley. Une importante initiative a été lancée pour examiner de plus près les composés du lin et la manière de les produire. » Elle ajoute que huit articles scientifiques citant NAPGEN ou les données du consortium ont été présentés ou acceptés pour publication.
L'entente avec le consortium suppose que lorsqu'un chercheur du gouvernement ou d'une université souhaite identifier les gènes régulant la synthèse d'une substance végétale, le séquençage soit confié au CNRC. Une fois que celui-ci a ajouté les séquences à la base de données FIESTA, outil informatique unique créé par le CNRC, le chercheur y a accès exclusivement pendant six mois. Ensuite, tous les membres de NAPGEN peuvent accéder aux données pendant un maximum de trois ans. Passé ce délai, c'est l'ensemble des chercheurs dans le monde qui peuvent les utiliser.
Voilà où l'exploration en profondeur des données par FIESTA prouve son utilité. « Cet outil autorise de multiples comparaisons, explique Mme Culley. Non seulement avez-vous accès aux séquences et aux plantes qui vous intéressent, mais aussi à toutes les autres plantes. Que l'on cherche un gène particulier ou ses dérivés, FIESTA examine aussi le millepertuis, la lavande, le bleuet et la menthe – bref, tout ce qu'il y a dans la base de données – afin d'identifier les gènes connus apparentés. »
Ce qui donne aux membres canadiens de NAPGEN un avantage concurrentiel lorsqu'il s'agit d'examiner, de développer ou de commercialiser des produits végétaux bénéfiques pour la santé.
Renseignements : Relations avec les médias
Conseil national de recherches Canada
613-991-1431
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