ARCHIVÉ - Nouveau projet de collaboration international en bioinformatique

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Le 04 février 2004 — Ottawa (Ontario)

Installation de ciblage à haut débit.

Les chercheurs de plusieurs instituts du CNRC uniront bientôt leurs forces à un groupe de scientifiques espagnols dans le cadre d'un nouveau projet qui marie informatique et biotechnologie, domaine qu'on appelle la bioinformatique. Le financement de ce projet a récemment été confirmé par le CNRC et le ministère espagnol des Sciences et de la Technologie (MST), et découle d'une plus vaste entente de coopération scientifique conclue entre le Conseil et l'Espagne.

Qu'est-ce que la bioinformatique?

La bioinformatique ou biologie computationnelle recueille, structure et analyse les données biologiques.

Les chercheurs y recourent déjà de plus en plus pour élucider le fonctionnement des gènes et des protéines. À titre d'illustration, une biopuce typique rassemble 20 000 gènes. Une expérience courante consiste à étudier les changements que subissent peu à peu ces gènes à la suite d'un stimulus extérieur — l'administration d'un médicament, par exemple. En prenant des mesures répétitives dans le temps, on accumule des données sur ces gènes, jusqu'à ce que leur masse soit si importante qu'il faille recourir à la bioinformatique pour la traiter et l'analyser. Une analyse adéquate de telles données nous aidera à élaborer plus rapidement de nouveaux médicaments, à porter de meilleurs diagnostics et à proposer des thérapies plus efficaces aux malades.

La bioinformatique est un secteur de R-D qui prend rapidement de l'essor. On le doit à la masse sans cesse grandissante de données produites par les chercheurs en génomique et en protéomique. « Les progrès réalisés au cours des cinq à sept dernières années ont permis aux biologistes de recueillir des données qui dépassent les capacités d'analyse actuelles des laboratoires », a expliqué M. Fazel Famili, membre de l'Institut de technologie de l'information (ITI-CNRC) et chercheur principal affecté au projet.

Une application caractéristique de la génomique faisant appel à la technologie des micro-échantillons d'ADN engendre 10 à 50 gigaoctets de données. Assez pour remplir le disque dur d'un ordinateur haut de gamme en l'espace de quelques jours. La situation est pire en protéomique où les données sont produites par téraoctet, masse comme on n'en retrouve habituellement que chez les compagnies de télécommunications. Par leur seule taille, ces ensembles de données témoignent de l'incroyable complexité des systèmes biologiques et de l'effort qu'exige l'analyse des interactions complexes en jeu.

Le nouveau projet fera intervenir des chercheurs du Centre national de biotechnologie et du Centre national d'oncologie de l'Espagne, qui possèdent une grande expertise dans l'application de la bioinformatique aux données cliniques. Les scientifiques de l'Institut de recherche en biotechnologie et de l'Institut des sciences biologiques du CNRC y participeront aussi, avec le personnel du Centre hospitalier pour enfants de l'est de l'Ontario. Cet ambitieux partenariat est essentiel dans les domaines comme la bioinformatique où s'amalgament plusieurs sciences. « Il est capital de bien saisir le problème et de savoir ce qu'on cherche, poursuit M. Famili. Il faut échafauder une stratégie d'exploration des données adaptée à l'application, ce qui exige la participation d'experts, entre autres des biologistes et des biochimistes. »

Microréseau d'ADN.

Au cours des trois prochaines années, l'équipe oeuvrera à la réalisation de plusieurs objectifs. Ainsi, les chercheurs s'efforceront de mieux comprendre les données originales issues du séquençage de l'ADN, des micro-échantillons et d'autres techniques afin de stocker et d'analyser les résultats plus efficacement. Le but ultime consistera à prendre cette base de données récemment élargie et à en faire un système d'aide à la décision, c'est-à-dire un outil intelligent dont on se servira pour combiner et manipuler des séries multiples de données biomédicales. Outre les données qu'engendrent les micro-échantillons et des techniques similaires, le système acceptera les données cliniques et les résultats expérimentaux des chercheurs du Centre hospitalier pour enfants de l'est de l'Ontario. « Nous avons dépassé la simple exploration des données de génomique et de protéomique, estime M. Famili. La question que l'on se pose maintenant est : qu'allons-nous faire de la multitude d'information produite par ces applications? Il faut s'assurer que les données sont structurées correctement pour qu'on puisse s'en servir et que les données venant d'autres sources comme les essais cliniques les enrichissent constamment. »

Parmi les applications potentielles d'un tel système, on retrouve la formulation de recommandations pour divers traitements ou diagnostics. Selon M. Famili, l'équipe tente de créer un instrument qui donnera de bons résultats avec certaines maladies comme la leucémie ou l'hépatite C et l'hépatite B, et elle se concentrera sur les tâches particulières qui faciliteront la prise de décisions en la matière.

Le financement du projet a été annoncé en même temps que celui d'autres initiatives en biosciences marines et en micro-électronique. Ces collaborations ont débuté par une série d'ateliers tenus conjointement depuis deux ans par le CNRC et le Consejo Superior de Investigaciones Cientificas. Ces ateliers ont débouché sur une entente entre le Conseil et le MST espagnol en vertu de laquelle les deux organismes se sont engagés à poursuivre des recherches de concert pendant trois ans.

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Renseignements : Relations avec les médias
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