Séquençage de l'ADN et synthèse des gènes à l'IBP

L'unité des technologies de l'ADN est une installation essentielle qui utilise les dernières technologies commerciales pour fournir des services de séquençage de l’ADN à faible et à haut débit, la synthèse de l’ADN et la synthèse de gènes sur mesure, et l’assemblage dans l’appui aux programmes de génomique et de biotechnologie. L’unité a aussi intégré des technologies de séquençage à la robotique, aux instruments d’électrophorèse capillaire (EC) à haut débit pour l’analyse séquentielle de l’ADN. Le laboratoire est aussi équipé d’un analyseur de séquence Roche 454 GS-FLXMD et de deux analyseurs de génome Illumina IIx.

Informations d’ordre général

Le laboratoire des technologies de l’ADN est une installation essentielle de séquençage de l'ADN et synthèse d'ADN/de gène/de microréseau établi d'abord par l'IBP en 1998. L'unité fournit des capacités de séquençage à haut débit pour appuyer des programmes de génomique agricole, des projets stratégiques à l'IBP, et des projets de collaboration. Des technologies chimiques de préparation in vitro de matrice de plasmide à haut débit et des technologies de séquençage à haut débit sont établies avec la résolution de séquence sur des analyseurs de séquence de l'ADN AB 3730xl à 96 capillaires. L’IBP a aussi acquis des plates-formes de séquençage de prochaine génération de Roche et Illumina pour accommoder une vaste gamme d’applications de génomique et de génomique fonctionnelle là où un débit plus élevé est désiré.

L'unité appuie non seulement les projets de l'IBP et de collaboration, mais fournit aussi des technologies de séquençage de l'ADN et de synthèse de gènes/d'ADN aux universités, industries et départements ministériels.

Services

Notre laboratoire des technologies de l’ADN offre une vaste gamme de services :

• le choix de colonies à haut débit, la préparation de plasmides à haut débit et le séquençage de librairies d’ADNc (SGE) et de librairies de sous-clones génomiques; le séquençage d’extrémités de BAC et le séquençage de produits de PCR;
• le séquençage de génomes entiers, de BACs, le reséquençage et la transcriptomique
• la synthèse de gènes, les banques de gènes, l'optimisation de biais de codons
• oligonucléotides modifiés (bases fluorescentes, biotinylées, phosphorylées, modifiées)

Équipement

Le laboratoire est doté de :

• Trois analyseurs de séquence de l'ADN AB 3730xl à 96 capillaires sont affectés aux projets et collaborations en génomique et détiennent un format de puits 96 et 384 pour le séquençage à haut débit et le génotypage.
• Un instrument de séquençage de génome Roche 454 GS-FLX™ avec chimie de titane capable de générer plus de 1 million de 400pb / lecture ou >500Mbp de données séquentielles par lot et qui appuie beaucoup d’applications, y compris le séquençage de l’ADN de novo de génomes entiers ou de clones BAC, la profilation de transciptomes, la découverte de PNS et la métagénomique. http://www.454.com/
• Une plate-forme d’analyse de génome Illumina IIx pouvant produire >150 million 2 x 100pb / lecture, ou jusqu’à 50Gbp de données par lot permettant le séquençage et le reséquençage de génomes ainsi qu’une couverture à grande profondeur des échantillons pour des applications comme la profilation approfondie de transcriptomes et une analyse d’ARN court à des coûts relativement peu élevés. http://www.illumina.com/
• Un synthétiseur d’ADN du modèle de bioautomation MerMade 192 pour la synthèse sur mesure de molécules d’ADN d’un maximum de 150 bases. L’unité fournit la synthèse de gènes, des librairies de gènes et l’optimisation de biais de codons ainsi que l’ADN modifié, par exemple des oligonucléotides fluorescents, biotinylés ou phosphorylés. Plusieurs autres modifications sur mesure sont disponibles sur demande. http://www.bioautomation.com/
• Deux systèmes Dianex de chromatographie liquide à haute performance (CLHP) permettant la purification personnalisée d'oligonucléotides et de produits de PCR
• Le laboratoire de synthèse est dote d’un synthétiseur de microréseau Combimatrix B3 capable de créer des microréseaux d'ADN personnalisés de 94K. http://www.combimatrix.com/

Coût

Ces services sont disponibles aux organismes externes selon le principe de la récupération des coûts. Les taux dépendent du type de service disponible. Des taux en gros sont disponibles pour la préparation de plasmides et le séquençage d'ADN à haut débit, et la synthèse de gènes et d'oligonucléotides.

Personnes-contact

Dr Andrew Sharpe (Chef de groupe) à Andrew.Sharpe@nrc-cnrc.gc.ca
Téléphone : (306) 975-5967

Barry Panchuk (Séquençage de l’ADN) à Barry.Panchuk@nrc-cnrc.gc.ca
Téléphone : (306) 975-6073

Inge Roewer (Séquençage de l’ADN) à Inge.Roewer@nrc-cnrc.gc.ca
Téléphone : (306) 975-6590

Darrin Klassen (Séquençage de l’ADN) à Darrin.Klassen@nrc-cnrc.gc.ca
Téléphone : (306) 975-5077

Don Schwab (Synthèse d’oligonucléotides, de gènes et de microréseaux) à Don.Schwab@nrc-cnrc.gc.ca
Téléphone : (306) 975-4998

Information pertinente

Instituts:

• Institut de biotechnologie des plantes du CNRC